如何通过荧光酶标仪实现SNP基因分型检测
2024-06-06114基因分型是将个体目标DNA序列与另一个体的DNA序列或参考序列进行比较来确定个体的基因型差异的过程。单核苷酸多态性（SNP）是指基因组水平上由单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性，SNP作为第三代分子标记，广泛用于多物种的基因型鉴定，是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据，因此被广泛用于群体遗传学研究和疾病相关基因的研究，在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。
TaqMan探针是一种双标记、自淬灭的水解探针，在PCR反应中加入两条两端带有不同荧光标记的特异探针来识别不同的等位基因。TaqMan SNP基因分型分析都包括两种等位基因特异性TaqMan MGB探针，含有不同的荧光染料和一对PCR引物对以检测特定的SNP靶标。
我们将使用已知DNA样品进行SNP实验，对比PCR产物在荧光定量PCR仪与荧光酶标仪上的基因型。
实 验 材 料
试剂盒
人ALDH2基因多态性检测试剂盒（rs671）
货号：FYG-rs671
仪器
基因扩增仪、奥盛 Feyond-F100荧光酶标仪
PCR管
白色PCR八联管 货号：Roche 6612601001
实 验 方 法
共验证28个已知样品，包括24个DNA样品和4个无模板对照（NTC）。
将等位基因AA、等位基因GG与等位基因AG分别按1:100、1:500、1:1000进行稀释，作为未知样品。
样品经过普通PCR扩增后，直接将白色PCR八联管与管支架，置于荧光酶标仪上进行检测。
PCR扩增体系
表1 PCR扩增体系（20μL）
成分 | 体积 |
RealFAST probe PCR mix | 10 μL |
Primer&Probe premix | 2 μL |
ddH2O | 6 μL |
DNA | 2 μL |
总计 | 20 μL |
PCR仪器参数设置
表2 PCR反应条件
步骤 | 温度 | 时间 | 循环数 |
预变性 | 95 ℃ | 5 min | 1 |
变性 | 95 ℃ | 10 sec | 40 |
退火/延伸 | 60 ℃ | 30 sec | |
低温保存 | 4 ℃ | ∞ | 1 |
荧光酶标仪参数设置
表3 酶标仪检测参数
检测模式 | 荧光 |
检测类型 | 终点法 |
检测波长 | FAM通道 HEX通道 |
PMT增益 | 自动增益 |
积分时间 | 40 μs |
图1 待测样品布局
图2 直接检测PCR产物
实 验 结 果
荧光酶标仪的检测结果，纯合子与杂合子的样品分布情况，与Roche480的样品分布情况一致。FAM 纯合子位置靠近X轴，HEX纯合子位置靠近Y轴，包含FAM和HEX的杂合子所形成的集群在两个纯合子集群之间。
Feyond-F100荧光酶标仪可选配符合SNP基因分型实验的定制滤光片，独立的算法分析软件可满足三种基因分型的荧光探测要求，方便快速的实现基因集群的数据分析，提供直观的结果展示。
关于奥盛
奥盛定位生命科学工具提供商，专注生命科学检测设备及自动化解决方案。公司围绕生物样品核酸蛋白纯化、自动化工作站，生物吸收光、荧光及发光检测三大技术平台，在生命科学领域进行了深度布局。
目前，公司拥有省级高新技术企业研究院，是2022年第一批浙江省”专精特新”中小企业。
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