寡核苷酸HPLC分析中色谱柱的选择

寡核苷酸的SEC分析

SEC分离模式常用于分析因核碱基数、磷酸基不同导致的分子量差别，对寡核苷酸进行简单的质量控制或纯度研究。TSKgel UP-SW3000、G3000SWXL以及TSKgel G2000SWXL这三款SEC色谱柱都非常适合用来分析寡核苷酸。

天然型DNA核酸药物Defitelio就是采用TSKgel G2000SWXL进行质量分析的。

分离实例：脂质体包裹的siRNA的SEC分离

参考文献: Handbook of analysis of oligonucleotides and related Products, Feb. 23 (2011) 125，Edited by J. V. Bonilla et al.

寡核苷酸的IEC分析

在IEC分离模式中，如果使用无孔填料的色谱柱可以提高分辨率。TSKgel DNA-NPR(粒径2.5 μm)和TSKgel DNA-STAT(粒径5 μm)都是采用无孔填料的色谱柱。

在常规HPLC系统上推荐优先使用TSKgel DNA-STAT。该色谱柱填料粒径为5 μm，操作压力低，样品载量大。在样品吸附强的情况下，即使在高温、高盐浓度下(2～3 mol/L)进行梯度分离，DNA-STAT的分离带也更宽，分辨率更高。

分离实例: TSKgel DNA-NPR和DNA-STAT色谱柱对相同长度(20mer)的4种寡核苷酸的分离

分离实例: TSKgel DNA-NPR阴离子交换色谱柱分离合成的13mer寡核苷酸

核酸分析的ZD

分离核酸时需要根据样品的稳定性和大小来选择或更换洗脱液。如果核酸的稳定性很高，可以通过采用碱性溶液(NaOH，pH 12)和高温(60℃)来提高分辨率。对于稳定性差的样品，则在中性(pH 7～8)，40°C条件下分离。

如果样品是超巨大双链DNA，如质粒DNA，使用TSKgel DEAE-NPR (4.6 mm I.D.×3.5 cm)的话不仅可以获得高分辨率，而且回收率也会更好。