Gilson PIPETMAX® 和新冠状病毒肺炎COVID-19自动化RT-QPCR工作流
2021-02-224159冠状病毒和新冠状病毒肺炎COVID-19
图 1
2019-nCoV 病毒颗粒渲染图
冠状病毒是属于冠状病毒科-网巢病毒目的一种包膜型正义RNA病毒,广泛存在于人类和其他哺乳动物体内。这些病毒是带有正单链RNA基因组和螺旋对称的核衣壳的包膜病毒。冠状病毒的基因组大小大约在26到32千碱基之间,是RNA病毒中ZD的一种。
COVID-19 检测的RT-QPCR 工作流
逆转录QPCR(RT-QPCR)结合RT-PCR和QPCR,通常用于检测呼吸道分泌物中的致病病毒。
临床呼吸道样本或其他可接受的样本,并按以下步骤进行测试。(图2)
图 2
COVID-19的RT-QPCR工作流
PIPETMAX 和 RT-QPCR 的自动化
Gilson PIPETMAX®全自动液样平台消除了液样转移的人为错误风险。单次液样操作量程范围为1μL -1200μL,可以同时运行1至8个通道。可移动式托盘能够适配96和384孔板。(图 3) 双在线移液头可以随时自动切换步骤所需的不同量程,在运行中移液头无需硬件更换。如果选配更多的移动托盘,可以满足在运行方法的同时进行下一轮配置,节约时间。(图 4)
图 3
PIPETMAX® 和TRILUTION®micro软件
图 4
PIPETMAX 移动托盘
Pipetmax 的特点
PIPETMAX® 是一套理想的高通量生物分析自动化液样处理方案。桌面式的尺寸可以轻松地适配任何实验室。通过外置式UV/HEPA系统,能够满足不同实验规范的需求。PIPETMAX®可以提升操作人员的精确度、重现性,以及不同病毒样品之间的一致性。
✔PIPETMAX® 可以消除用户间的误差
✔保护操作人员远离病原体
✔采用Gilson PIPETMAN® 技术,确保JZ度
✔DIAMOND 带滤芯吸嘴(图 5)可以防止气溶胶污染
✔一套真正意义上适合任意试剂、试剂盒及方法的开放系统
RT-QPCR 工作流
核酸提取
RT-QPCR的实验扩增结果取决于样品模板RNA的质量和总量。在进行样品测试前,应该对RNA提取的回收率和纯度进行验证。
根据商品化的提取试剂盒制造商的建议方法提取样品,可以得到高度纯化的RNA。
质量控制
由于RT-PCR的敏感性,所有检测应该采用严格的质量控制和质量保证流程。所有移液吸嘴均仅使用带滤芯型号。(图5)检测控制应与所有测试样品同时进行。
图5
Gilson 易拉装吸嘴(带滤芯)
RT-QPCR实验
RT-QPCR仪的参数(AB 7500 Fast DX)。
步骤 | 循环 | 温度 | 时间 |
UNG Incubation | 1 | 25℃ | 2 min |
RT incubation | 1 | 50℃ | 15 min |
Enzyme activation | 1 | 95℃ | 2 min |
Amplification | 45 | 95℃ | 3 sec |
55℃ | 30 sec |
混合总管和孔板配置
TaqPath™ 一步法RT-qPCR 混合总管
步骤 | 试剂 | 每次反应添加的体积 |
1 | Nuclease-freeWater | N x 8.5 μL |
2 | Combined Primer/Probe Mix | N x 1.5 μL |
3 | TaqPathTM 1-Step RT-qPCR Master Mix (4x) | N x 5.0 μL |
总体积 | N x 15.0 μL |
添加样品模板
小心地加入5.0 μL 样品至样品孔。
添加对照模板
加入5 μL的nCoVPC(CDC 阳性对照) RNA 模板至样品孔。
数据分析及结果
运行完成后,按照仪器厂家的说明对数据进行保存和分析,并在CDC的指导下对数据进行进一步的分析和解读。
其他自动化应用
QPCR方法,尤其是使用TaqMan探针或类似的荧光杂交探针方法,被广泛的应用于各类病原体检测。(图6)
图 6
常规病原体检测实验
从发表报道中看,利用磁珠技术对肠道病毒、乙型肝炎、丙型肝炎、Epstein-Barr病毒、疱疹病毒、人乳头瘤病毒、乙型流感和SARS病毒的核酸检测方法已经实现自动化。
总结
Gilson 的不同液样处理产品,例如 PIPETMAX 自动液样平台,可以和COVID-19疾病中RT-QPCR工作流结合,满足自动化需求。不断增长的检测量以及检测方法对提GX率以降低成本并保证实验结果有了越来越高的要求,因此分子诊断实验室也向着自动化、集成式、用户操作降低的方向不断发展。
Gilson 自动化液样处理产品可应用于样品处理的各个流程,包括分析前的样品处理、核酸提取、PCR实验,具有宽泛的自动化和灵活度,提升了测试效率和标准化。(图 7)
图 7
分子诊断和筛选应用中不同级别的自动化方案
*本文中的RT-QPCR流程参考于美国CDC在2020年2月4日发布的指引,由于情况的不断变化可能与实际环境的操作流程有所不同。本文展示了PIPETMAX可以被用于协助完成RT-QPCR方法。
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- PIPETMAX®全自动液样平台
- 品牌:吉而逊
- 型号:PIPETMAX®