国家重点实验室定期评估由科技部主导，5年为一个评估周期，每年评估1-2个领域的实验室。国重评估采用“末位淘汰制”，即排在最后的将被摘牌降级，这种方式目前也有一定争议，被认为过于粗放。主要目的是检查国家重点实验室整体运行状况，引导实验室的定位和发展方向，促进实验室建设与发展，并为国家相关管理部门的决策提供依据。国家重点实验室评估的主要指标为：研究水平与贡献、队伍建设与人才培养、开放交流与运行管理。