LightBench®采用Ranger®技术可以对指定片段进行精确筛选,核心功能为自动化的片段回收,辅助以NGS质控流程的电泳分析和荧光浓度测定的功能。目前为止,Ranger®技术已经为二三代测序、基因克隆等实验提供多种解决方案,应用范围包括肿瘤液体活检和无创产前检测(NIPT)等。Ranger®技术在片段选择过程中展示了业界领先的可扩展性和精确性,确保每次都能最 大限度地回收目的核酸片段。
Yourgene LightBench®全自动核酸电泳分析回收系统以Ranger®技术为核心,集电泳图谱分析、片段选择回收、高通量核酸浓度测定 (染料法)三种功能为一体,多方位为用户服务。系统还可与NIMBUS Select®工作站集成为一体,使用户可以在一次运行中完成多达96个样品的分析回收,可回收10bp到基因组大小片段,最 佳分辨率达到10bp。Yourgene LightBench®全自动核酸电泳分析回收系统为DNA条带分析、定量及回收提供了一个自动化的高通量凝胶电泳平台。
2023年1月份,The Scientist公布2022年十大创新生物科技产品,其中用于提高技术人员对母亲血液中的胎儿DNA分析能力的Yourgene health的LightBench®产品入围,除了用于NIPT之外,LightBench®还有更广泛的应用,包括筛选血液DNA样本以获取肿瘤DNA或传染性病原体。
Yourgene health公司开发的Sage™ 32 NIPT产品引入Ranger®技术允许在测序前对cfDNA NGS文库构建体进行自动化高通量靶向富集,从而极大地提高了胎儿部分的富集,因此在原有一张某测序仪的芯片混合12个样品的基础上拓展为混合32个样本。
插入筛选步骤的NGS测序流程图
官网测试结果截图对比
从上图可见,经过LightBench®进行片段筛选富集胎儿样本测序,不但可以混合更多样本进行测序,并且获得的结果的准确率和特异性有进一步的提升。
此外该仪器在环境微生物的宏基因组测序[1],以及肿瘤液体活检[2]感染性疾病的富集检测[3]等方面有着异曲同工的富集检测信号的应用。
LightBench®设备对10bp到基因组大小核酸片段均可进行回收,因此其也可对Pacbio的HIFI文库进行回收以及Nanopore建库前的样本进行小片段去除。如图所示,对HIFI文库的10kb-50kb范围的回收以及Nanopore 样品的10kb-130kb的回收均达到优秀的效果。
HIFI文库回收前后对比(10kb-50kb,Qsep毛细管电泳检测图,蓝色:回收后;红色:回收前)
Nanopore建库前样品回收前后对比(10kb-130kb,Qsep毛细管电泳检测图,红色:回收后;蓝色:回收前)
对于二代测序文库,利用LightBench®可以去除前端的引物二聚,接头,基因组残留等片段,有效回收二代测序文库的目的测序区域片段。如下图所示,文库的350-700bp的区域片段通过回收后更加集中。
二代测序文库回收前后对比(红色:回收前;蓝色:回收后)
此外针对常规PCR产物的回收,仪器可对目的区域片段进行快速精确回收,电泳回收的最 佳分辨率可达10bp,如下图所示,可有效去除非目的产物片段,同时目的产物回收率可达70%以上。
PCR产物回收前后对比(红色:回收前;蓝色:回收后)
仪器也可作为片段分析仪进行片段检测,具有24和36,48,96通道卡盒,仅需低至0.5ng的样品总量就可进行片段分析,最快可以在20分钟内完成96个样品的片段分析。可以提供片段分布分析数据,给出平均片段和占比的pdf或csv格式的报告。
NIPT文库检测峰图示例
常规二代测序文库检测图示例
另外该设备也可检测样品的浓度,可搭配官方试剂或者Qubit官方或者第三方试剂进行快速浓度测定,可在5分钟内完成96个样品的浓度检测,并且兼容384孔板,如图所示和Qubit进行标品同步检测,二者一致性较好。
LightBench®和Qubit对标准品进行检测对比
蓝点为LightBench®测定数值,红点为Qubit测定数值,线性为标准品实际浓度,分别对0.5, 1.0, 2.0, 4.0, 6.0, 8.0 和 10.0 ng/µl的标准品浓度进行检测,两台仪器定量方式均为Qubit提供的0ng/µl和10ng/µl的标准品两点测量。
由表格可见,LightBench®浓度的检测结果和Qubit高度一致,但是因为微量分光光度计对样本杂质比较敏感,另外对于低浓度样本测定的准确度较低,因此无法进行数据比较。
LightBench®不同厂家试剂测定浓度与实际浓度相关性
此外,通过标准品浓度的设置,进行不同厂家试剂配置,进行浓度检测测试,对标准浓度和测定浓度进行相关性分析从图可见。评估LightBench®对不同厂家的荧光试剂的兼容性显示,仪器对官方试剂以及第三方试剂均具有良好的兼容性,且三方结果具有一致性。
杭州厚泽生物科技有限公司作为全自动核酸蛋白分析系统Qsep系列的中国区独 家代理商,一直为广大有需求的用户提供销售、推广和售后三位一体的服务。此次杭州厚泽又取得了LightBench®中国地区指定独 家代理权,将一如既往的为客户提供售前售后服务,期待进一步推进中国市场核酸研究与检测领域的发展!
如需了解详情可添加厚泽生物官方微信18969902260(微信同号)或者致电0571-81060645。