MERFISH / SEQFISH SEQFISH +即插即用微流体应用包

● 灵活的空间转录组装置

   精确和可控的MERFISH/seqFISH实验的完整实验装置

● 自动化注液

   能同时控制超过23个溶液的流量

● 与显微镜同步

   通过TTL触发器和SDK开发包实现微流体的同步灌注和成像功能

● 高度可重复性

   稳定和自动化的流体系统，实现更好的重复性。

● 节省时间和试剂

   使用更少的昂贵试剂，更快的实验。

用于空间转录组学的SEQFISH包

该应用包包含ESI操作软件和OB1压力真空控制器、微流体分配阀MUX Distribution12等，可以帮助您快速进行MERFISH/seqFISH/seqFISH+实验，通过ESI操作软件实现整个实验系统的软件控制和自动化运行。

该应用包的主要优势：

● 超精确的小体积液体分配的流量控制

● 精确自动分配高达数十种染料

● 与其他设备同步如荧光显微镜

● 同时对不同样品进行成像

● 提高实验的再现性

● 不同种溶液的快速简单的顺序注入系统

● 使用灵活的操作软件实现测序和自动化实验

● 通过并行使用多个芯片或具有多个通道的微流控芯片来扩展分析

● Sequence序列器可实现各个系统平台的溶液的自动化运行

该应用包的主要特点是：

● 降低成本

● 实用，简单方便。

● 灵活多样

● 适应于每个SeqFISH实验所需要的液体试剂的数量

● 允许在微流体尺度上进行多重荧光原位杂交实验，通过减少所需试剂的体积，大大降低每次实验的成本。

Elveflow微流体实验系统平台适合长时间的实验，具有出色的稳定性，没有潜在的有害的压力峰值风险。此外，空间转录组学的SEQFISH包内的每个组件都是可调配的，以满足您的实验室基础建设需求和实验步骤需求。

为什么使用微流控进行荧光原位杂交实验？

使用微流体技术是进行MERFISH（多重误差-稳健荧光原位杂化）或seqFISH（次序荧光原位杂化）并观察多个基因及其空间构型的最有效方法，因为：

● 允许使用大量的昂贵染料和缓冲液进行实验

● 与生物学应用和显微镜观察完全兼容

● 可实现一个自动化序列，将溶液注入细胞，创建一个特定的实验装置；

● Elveflow集成微流体平台系统，使实验系统更加紧凑和易于使用；

● 可以将多个不同的芯片连接到系统平台，方便并行观察不同的样品；

在此荧光原位杂化系统装置之前，该应用包可以与其他微流体步骤相结合，例如单细胞隔离的单细胞包封[1]。

微流体也可以被应用于称为MA-FISH的方法，该方法使用稀释探针溶液的震荡流或执行条形码（DBiT - seq）。

泰初科技拥有微流体流动控制领域超过6年的应用经验，可以提供先进的流体控制、软件开发和生物学领域的专业知识，是值得信赖的合作伙伴。

[1] Mayr U., Serra D., Liberali P. Exploring single cells in space and time during tissue development, homeostasis and regeneration. Development, 2019, 146(12),

应用

seqFISH是一种高灵敏的技术，可以准确的检测出单细胞RNA-seq或免疫染色通常检测不到的低拷贝数基因。此外，在RT-PCR和RNA的测序中，逆转录或PCR扩增往往会导致定量偏差。由于seqFISH可以应用于任何组织类型而无需预先选择基因，因此，其能够不偏不倚地发现与某些生物现象相关的新基因。

● 不同的荧光原位标记方法：seq-FISH, MER-FISH, seqFISH+, HCR-FISH

● 蛋白质组学和空间组学应用

● 识别新的细胞类型

● 基因组组织成像

● 核架构图成像

● 细胞轨迹分析

● 转录物和蛋白质的亚细胞定位

● 配体-受体对分析

● 用于转录组和蛋白质组成像的超过10,000个分子

● 细胞间通讯和信号研究

● 组织微环境对细胞状态变化和发育轨迹的影响

● 复杂的多细胞生物系统分析

● 复杂生物现象的研究

● 测量单细胞在各自空间位置上的表型和基因组状态

空间转录组学的原理

seqFISH 能够精确地原位定量[1]的mRNA水平。SeqFISH 和 MERFISH 使用探针检测单细胞空间转录组[1][2][3]。

首先，用一组荧光FISH探针和标记染料进行原位杂化。然后，使用DNase去除荧光团，mRNA再次与相同的FISH探针杂化，但使用不同的标记染料。几轮杂化和其他染料允许在单细胞[4]中对几个基因进行条形编码。

SeqFISH+是改进的SeqFISH技术，非常适合细胞的空间和生物过程研究。其将seqFISH与共聚焦显微镜相结合，产生超分辨率成像，并在单细胞[5]中多路复用10,000个基因。

多重误差稳健荧光原位杂化（MERFISH）是对单分子荧光原位杂化（smFISH）的改进。该方法大规模并行并同时在空间上识别数十万中RNA。此外，由于使用了一些未分配的二进制条码，该方法可以检测错误，然后以错误鲁棒性的方式进行纠正。这是与seqFISH相比的主要区别，seqFISH以颜色序列编码[6]。

微流控芯片技术平台改进了seqFISH和MERFISH方法，降低了成本和节省了实验时间，同时提供了实验流程的自动化运行和实验可再现性[7]。

[1] Shah, Sheel & Lubeck, Eric & Zhou, Wen & Cai, Long. (2016). In Situ Transcription Profiling of Single Cells Reveals Spatial Organization of Cells in the Mouse Hippocampus. Neuron. 92. 342-357.

[2] Raj A, van Oudenaarden A. Nature, nurture, or chance: stochastic gene expression and its consequences. Cell. 2008;135:216–226.

[3] Asp, M., Bergenstråhle, J., Lundeberg, J., Spatially Resolved Transcriptomes—Next Generation Tools for Tissue Exploration. BioEssays 2020, 42, 1900221.

[4] Lubeck, E., Coskun, A., Zhiyentayev, T. et al. Single-cell in situ RNA profiling by sequential hybridization. Nat Methods 11, 360–361 (2014).

[5] Eng, CH.L., Lawson, M., Zhu, Q. et al. Transcriptome-scale super-resolved imaging in tissues by RNA seqFISH+. Nature 568, 235–239 (2019).

[6] Moffitt, J R, and X Zhuang. “RNA Imaging with Multiplexed Error-Robust Fluorescence In Situ Hybridization (MERFISH).” Methods in enzymology vol. 572 (2016): 1-49.

[7] Rodriguez-Mateos, P., Azevedo, N.F., Almeida, C. et al. FISH and chips: a review of microfluidic platforms for FISH analysis. Med Microbiol Immunol 209, 373–391 (2020).

空间转录组学的SEQFISH应用包的配置：

● OB1压力流量控制器

● 流量传感器MFS（获得更好的实验性能，可选用BFS流量计）

● 一个或两个微流体分配阀MUX Distribution12

● 导管和鲁尔接头套装

● 样品储液池，从1.5mL到100mL等

● 微流控芯片（可选，根据实验要求而定）

● ESI自动化控制软件

● 使用手册