分析型超速离心(AUC)文献快报-2月刊
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Development of a SARS-CoV-2 Vaccine Candidate Using Plant-Based Manufacturing and a Tobacco Mosaic Virus-like Nano-Particle
使用基于植物制造和烟草花叶病毒样纳米颗粒开发SARS-CoV-2候选疫苗
发表日期:17 November 2021
DOI:https://doi.org/10.3390/vaccines9111347
摘要:
稳定、有效、易于制造的疫苗对于阻止由冠状病毒 SARS-CoV-2 引起的 COVID-19 大流行至关重要。我们构建了一种候选疫苗 CoV-RBD121-NP,它由刺突糖蛋白 (S) 的 SARS-CoV-2 受体结合域 (RBD) 与人 IgG1 Fc 域 (CoV-RBD121) 融合并结合到改良的烟草花叶病毒 (TMV) 纳米颗粒上。在体外,CoV-RBD121与宿主病毒受体ACE2和单克隆抗体 CR3022 结合,CR3022 是一种阻断S与 ACE2 结合的中和抗体。CoV-RBD121-NP候选疫苗保留了关键的SARS-CoV-2刺突蛋白表位,具有一致的安全性、一致性和强度,并且在 2–8°C 或 22–28°C下储存 12 个月时显示出稳定的效力。免疫原性研究表明,在使用非佐剂或佐剂 (7909 CpG)后,C57BL/6小鼠产生了强烈的抗体反应。非佐剂疫苗诱导了平衡的 Th1/Th2 反应和识别 SARS2-CoV-2 的 S1 结构域和完整 S 蛋白的抗体,而佐剂疫苗诱导了 Th1 偏向反应。佐剂和非佐剂疫苗均诱导病毒中和滴度,如通过三种不同的测定法所测量的。总的来说,这些数据表明,通过 SARS-CoV-2 RBD 与 TMV 样纳米颗粒的结合,可以生产稳定的 COVID-19 候选疫苗。
仪器型号:ProteomeLab XL-A 分析超速离心机、AN-50Ti转子
CoV-RBD121-NP 的物理特性
(A)TMV Ntk病毒体和CoV-RBD121-NP(与抗原结合后的病毒体)的透射电子显微镜结果。黄色箭头表示结合抗原的位置)。比例尺 = 200 纳米。
(B) CoV-RBD121-NP 在释放时以及在 2–8 °C下储存后1个月和3个月的大小分布。根据分析超速离心(AUC)后的曲线下面积计算分布。
(C) CoV-RBD121-NP在2-8 °C或22-28 °C下储存后6个月或12个月的尺寸分布。基于AUC分析的百分含量。
AUC实验条件:
将 TMV NtK 和结合疫苗稀释至目标浓度,并使用光程为12 mm的2通道树脂中心件,将样品加载到样品池中。
加载的样品池被放置在AN-50Ti转子中,并在Beckman-Coulter ProteomeLab XL-A 分析超速离心机中以 9000rpm 的速度分离。
每 4 分钟记录一次扫描,持续4 小时(每个样本 60 次扫描)。
数据使用 SEDFIT (vs. 11.3) 软件(美国国立卫生研究院,贝塞斯达,马里兰州,美国)进行分析。
勾选f/f0 值拟合,以找到每个样本数据最适合的拟合结果。
使用的置信区间为0.683,勾选拟合time-invariant noise。
使用 OriginLab Origin vs. 9.0.0(OriginLab, Northampton, MA, USA)绘制所得尺寸分布图,并对峰积分。
REFERENCE
Royal JM, Simpson CA, McCormick AA, Phillips A, Hume S, Morton J, Shepherd J, Oh Y, Swope K, DeBeauchamp JL, Webby RJ, Cross RW, Borisevich V, Geisbert TW, Demarco JK, Bratcher B, Haydon H, Pogue GP. Development of a SARS-CoV-2 Vaccine Candidate Using Plant-Based Manufacturing and a Tobacco Mosaic Virus-like Nano-Particle. Vaccines (Basel). 2021 Nov 17;9(11):1347.
Subunit Flexibility of Multimeric von Willebrand Factor/Factor VIII Complexes
多聚血管性血友病因子/因子VIII复合物的亚基柔韧性
作者:Ernest T. Parker, Sandra L. Haberichter, and Pete Lollar
发表日期:25 August 2022
DOI: https://doi.org/10.1021/acsomega.2c03389
摘要:
血管性血友病因子(VWF)是一种参与血小板粘附和聚集的血浆糖蛋白,是凝血因子VIII (blood coagulation factor VIII, fVIII)的载体。血浆VWF由多聚体组成,分子量从~ 0.55 MDa到10 MDa以上。VWF多聚物由一个可变数量的二硫连接~ 275 kDa的子基组成。本文在pH为7.4的条件下,用色谱法对血浆源性人VWF/fVIII配合物进行分离,并对其进行凝胶电泳、沉降速率法分析超离心(SV AUC)、动态光散射(DLS)和多角度光散射(MALS)检测。本研究结果与非流动条件下VWF多聚物模型的结果一致,在非流动条件下,多聚物具有显著的灵活性。对于同源系列聚合物,如VWF多聚体的分布,分子质量与回转半径、沉降系数或用扩散系数作为大分子的诊断指标构象。
目的:表征VWF多聚物
型号:Beckman−Coulter XLI
实验条件:20°C,上样量400uL, 吸光度280nm, 使用sedfit进行分析,置信区间设置0.68
实验结果:
图1:sepacryl S-1000 VWF/FVIII样品, 280 nm处从左到右的吸光度扫描原始数据
图2:c(s) 模型拟合后得数据,样品1 (蓝色), 9 (绿色), 13 (红色)
图3:VWF/fVIII Complexes 的SV AUC数据汇总
Bibliography
Parker, E.T., Heritier, S.L. and Lollar, P., 2022. Subunit flexibility of multimeric von Willebrand factor/factor VIII complexes. ACS omega, 7(35), pp.31183-31196.
SV-AUC as a stability-indicating method for the characterization of mRNA-LNPs
SV-AUC作为一种表征mRNA-LNPs稳定性的可行方法
发表日期:14 November 2022
DOI:doi.org/10.1016/j.ejpb.2022.11.014
摘要:
在SARS-CoV2大流行期间,以包裹mRNA的脂质纳米颗粒(LNPs)形式生产的mRNA疫苗,开创了一个新的疫苗领域。对于LNPs大小和结构变化进行定量分析是至关重要的,因为这些参数的变化可能对疫苗的效价产生影响。本项研究中,我们使用分析超离心机,以沉降速度 (SV-AUC)的方法对mRNA-LNP疫苗在相关应激因素(冻融、热、机械应力等)作用下的结构变化进行了稳定性定量分析,同时对比了DLS的相关数据。DLS能够准确的对mRNA-LNPs的大小和均一性进行表征。在压力因素下,如冻融和机械应力的作用下,DLS和SV-AUC都能检测到颗粒粒径和大颗粒物含量的增加。而50℃热应力的变化仅通过SV-AUC浮选的速率的变化被检测到。此外,SV-AUC可以观察到颗粒密度的变化,这是DLS无法检测到的。总之,SV-AUC是一种很有价值的mRNA-LNPs稳定性定量表征方法。
目的:表征mRNA-LNPs的应激稳定性
仪器型号:Optima AUC,AN-50 Ti转子
SV-AUC对mRNA-LNPs进行表征数据
不同应激条件下,通过SV-AUC对主峰和高分子量峰1进行量化。
实验条件:
20℃下,将样品和buffer溶液放入带蓝宝石窗口的双区中心件,在AN 50-Ti 转子上以每分钟 10,000 转下进行离心,检测260 nm and 280 nm吸收峰,检测间隔120 s,检测间隔10 μm。
使用UltraScan III对前95条数据进行分析,使用2DSA模型,对时间和径向噪音进行拟合。在最 终的拟合计算中,使用CSA-SL-MC模型,选择范围:1 S到 200 S (主峰), 200 S到1200 S(高分子量峰1) ,1200 S到2000 S (高分子量峰2)。通过计算得到加权平均沉降系数和摩擦系数比(f/f0),以及相对含量。
REFERENCE
E. Brookes, W. Cao, B. Demeler, A two-dimensional spectrum analysis for sedimentation velocity experiments of mixtures with heterogeneity in molecular weight and shape, Eur. Biophys. J. 39 (3) (2010) 405–414.
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- 分析型超速离心(AUC)文献快报-2月刊
Development of a SARS-CoV-2 Vaccine Candidate Using Plant-Based Manufacturing and a Tobacco Mosaic Virus-like Nano-Particle
使用基于植物制造和烟草花叶病毒样纳米颗粒开发SARS-CoV-2候选疫苗
发表日期:17 November 2021
DOI:https://doi.org/10.3390/vaccines9111347
摘要:
稳定、有效、易于制造的疫苗对于阻止由冠状病毒 SARS-CoV-2 引起的 COVID-19 大流行至关重要。我们构建了一种候选疫苗 CoV-RBD121-NP,它由刺突糖蛋白 (S) 的 SARS-CoV-2 受体结合域 (RBD) 与人 IgG1 Fc 域 (CoV-RBD121) 融合并结合到改良的烟草花叶病毒 (TMV) 纳米颗粒上。在体外,CoV-RBD121与宿主病毒受体ACE2和单克隆抗体 CR3022 结合,CR3022 是一种阻断S与 ACE2 结合的中和抗体。CoV-RBD121-NP候选疫苗保留了关键的SARS-CoV-2刺突蛋白表位,具有一致的安全性、一致性和强度,并且在 2–8°C 或 22–28°C下储存 12 个月时显示出稳定的效力。免疫原性研究表明,在使用非佐剂或佐剂 (7909 CpG)后,C57BL/6小鼠产生了强烈的抗体反应。非佐剂疫苗诱导了平衡的 Th1/Th2 反应和识别 SARS2-CoV-2 的 S1 结构域和完整 S 蛋白的抗体,而佐剂疫苗诱导了 Th1 偏向反应。佐剂和非佐剂疫苗均诱导病毒中和滴度,如通过三种不同的测定法所测量的。总的来说,这些数据表明,通过 SARS-CoV-2 RBD 与 TMV 样纳米颗粒的结合,可以生产稳定的 COVID-19 候选疫苗。
仪器型号:ProteomeLab XL-A 分析超速离心机、AN-50Ti转子
CoV-RBD121-NP 的物理特性
(A)TMV Ntk病毒体和CoV-RBD121-NP(与抗原结合后的病毒体)的透射电子显微镜结果。黄色箭头表示结合抗原的位置)。比例尺 = 200 纳米。
(B) CoV-RBD121-NP 在释放时以及在 2–8 °C下储存后1个月和3个月的大小分布。根据分析超速离心(AUC)后的曲线下面积计算分布。
(C) CoV-RBD121-NP在2-8 °C或22-28 °C下储存后6个月或12个月的尺寸分布。基于AUC分析的百分含量。
AUC实验条件:
将 TMV NtK 和结合疫苗稀释至目标浓度,并使用光程为12 mm的2通道树脂中心件,将样品加载到样品池中。
加载的样品池被放置在AN-50Ti转子中,并在Beckman-Coulter ProteomeLab XL-A 分析超速离心机中以 9000rpm 的速度分离。
每 4 分钟记录一次扫描,持续4 小时(每个样本 60 次扫描)。
数据使用 SEDFIT (vs. 11.3) 软件(美国国立卫生研究院,贝塞斯达,马里兰州,美国)进行分析。
勾选f/f0 值拟合,以找到每个样本数据最适合的拟合结果。
使用的置信区间为0.683,勾选拟合time-invariant noise。
使用 OriginLab Origin vs. 9.0.0(OriginLab, Northampton, MA, USA)绘制所得尺寸分布图,并对峰积分。
REFERENCE
Royal JM, Simpson CA, McCormick AA, Phillips A, Hume S, Morton J, Shepherd J, Oh Y, Swope K, DeBeauchamp JL, Webby RJ, Cross RW, Borisevich V, Geisbert TW, Demarco JK, Bratcher B, Haydon H, Pogue GP. Development of a SARS-CoV-2 Vaccine Candidate Using Plant-Based Manufacturing and a Tobacco Mosaic Virus-like Nano-Particle. Vaccines (Basel). 2021 Nov 17;9(11):1347.
Subunit Flexibility of Multimeric von Willebrand Factor/Factor VIII Complexes
多聚血管性血友病因子/因子VIII复合物的亚基柔韧性
作者:Ernest T. Parker, Sandra L. Haberichter, and Pete Lollar
发表日期:25 August 2022
DOI: https://doi.org/10.1021/acsomega.2c03389
摘要:
血管性血友病因子(VWF)是一种参与血小板粘附和聚集的血浆糖蛋白,是凝血因子VIII (blood coagulation factor VIII, fVIII)的载体。血浆VWF由多聚体组成,分子量从~ 0.55 MDa到10 MDa以上。VWF多聚物由一个可变数量的二硫连接~ 275 kDa的子基组成。本文在pH为7.4的条件下,用色谱法对血浆源性人VWF/fVIII配合物进行分离,并对其进行凝胶电泳、沉降速率法分析超离心(SV AUC)、动态光散射(DLS)和多角度光散射(MALS)检测。本研究结果与非流动条件下VWF多聚物模型的结果一致,在非流动条件下,多聚物具有显著的灵活性。对于同源系列聚合物,如VWF多聚体的分布,分子质量与回转半径、沉降系数或用扩散系数作为大分子的诊断指标构象。
目的:表征VWF多聚物
型号:Beckman−Coulter XLI
实验条件:20°C,上样量400uL, 吸光度280nm, 使用sedfit进行分析,置信区间设置0.68
实验结果:
图1:sepacryl S-1000 VWF/FVIII样品, 280 nm处从左到右的吸光度扫描原始数据
图2:c(s) 模型拟合后得数据,样品1 (蓝色), 9 (绿色), 13 (红色)
图3:VWF/fVIII Complexes 的SV AUC数据汇总
Bibliography
Parker, E.T., Heritier, S.L. and Lollar, P., 2022. Subunit flexibility of multimeric von Willebrand factor/factor VIII complexes. ACS omega, 7(35), pp.31183-31196.
SV-AUC as a stability-indicating method for the characterization of mRNA-LNPs
SV-AUC作为一种表征mRNA-LNPs稳定性的可行方法
发表日期:14 November 2022
DOI:doi.org/10.1016/j.ejpb.2022.11.014
摘要:
在SARS-CoV2大流行期间,以包裹mRNA的脂质纳米颗粒(LNPs)形式生产的mRNA疫苗,开创了一个新的疫苗领域。对于LNPs大小和结构变化进行定量分析是至关重要的,因为这些参数的变化可能对疫苗的效价产生影响。本项研究中,我们使用分析超离心机,以沉降速度 (SV-AUC)的方法对mRNA-LNP疫苗在相关应激因素(冻融、热、机械应力等)作用下的结构变化进行了稳定性定量分析,同时对比了DLS的相关数据。DLS能够准确的对mRNA-LNPs的大小和均一性进行表征。在压力因素下,如冻融和机械应力的作用下,DLS和SV-AUC都能检测到颗粒粒径和大颗粒物含量的增加。而50℃热应力的变化仅通过SV-AUC浮选的速率的变化被检测到。此外,SV-AUC可以观察到颗粒密度的变化,这是DLS无法检测到的。总之,SV-AUC是一种很有价值的mRNA-LNPs稳定性定量表征方法。
目的:表征mRNA-LNPs的应激稳定性
仪器型号:Optima AUC,AN-50 Ti转子
SV-AUC对mRNA-LNPs进行表征数据
不同应激条件下,通过SV-AUC对主峰和高分子量峰1进行量化。
实验条件:
20℃下,将样品和buffer溶液放入带蓝宝石窗口的双区中心件,在AN 50-Ti 转子上以每分钟 10,000 转下进行离心,检测260 nm and 280 nm吸收峰,检测间隔120 s,检测间隔10 μm。
使用UltraScan III对前95条数据进行分析,使用2DSA模型,对时间和径向噪音进行拟合。在最 终的拟合计算中,使用CSA-SL-MC模型,选择范围:1 S到 200 S (主峰), 200 S到1200 S(高分子量峰1) ,1200 S到2000 S (高分子量峰2)。通过计算得到加权平均沉降系数和摩擦系数比(f/f0),以及相对含量。
REFERENCE
E. Brookes, W. Cao, B. Demeler, A two-dimensional spectrum analysis for sedimentation velocity experiments of mixtures with heterogeneity in molecular weight and shape, Eur. Biophys. J. 39 (3) (2010) 405–414.
- 分析型超速离心(AUC)文献快报-12月刊
Cyclization studies of Japanese encephalitis virus non-coding RNA terminal regions
乙型脑炎病毒非编码RNA末端区域的环化研究
发表日期:February 2, 2022
DOI:https://doi.org/10.1101/2022.02.01.478553
摘要:许多黄病毒如登革热病毒和西尼罗河病毒在其 5' 和 3' 末端区域 (TRs) 进行必要的远程相互作用,由保守的互补环化序列介导。然而,我们缺乏对日本脑炎病毒 (JEV) 的这种远程相互作用的深入了解。在这里,我们使用了涉及计算和生物物理工具的广泛、多方面的方法。我们进行了多角度光散射 (SEC-MALS) 来确定 JEV TR 的绝 对分子量,它们的复合物得出结论它们形成 1:1 复合物,并使用分析超速离心 (AUC) 证实了这种相互作用。微型热泳 (MST) 实验表明,JEV 的 5' 和 3' TR 与 nM 亲和力相互作用,在没有保守环化序列的情况下显着降低。据我们所知,这是第 一项代表应用三种关键生物物理方法(AUC、MST 和 SEC-MALS)研究 RNA-RNA 相互作用的研究。此外,我们进行了计算动力学分析,证实了我们的 MST 研究表明环化序列在 RNA-RNA 相互作用中的重要作用。这种生物学关键事件的结合亲和力是一个重要的药理学特征,可以影响治 疗的潜在竞争性抑 制。这一证据还可以影响旨在抑 制保守黄病毒环化的药物干预,从而中断黄病毒家族的复制。
仪器型号:Optima AUC 紫外(UV)检测系统
从沉降速率-分析超速离心获得的 JEV 5' TR 和 3'TR 的沉降分布图
实验条件:
JEV 5' TR 和 3' TR 的 AUC 沉降速度数据是使用 Beckman Optima AUC 离心机和 AN50-Ti 转子在 20°C 下收集的。
将 JEV 5'TR(214 nM,0.5 OD @260 nm)、JEV 3'TR(224 nM,0.5 OD @260 nm)和 JEV 5'TR 和 3'TR 样品的 1:1 混合物加载到 2 通道Epon树脂中心件。
以每分钟 25,000 转的速度离心样本,并以 20 秒的间隔收集扫描结果。
使用 UltraScan-III 软件包通过内部超级计算机计算分析所有数据。我们使用二维频谱分析 (2DSA) 分析 SV-AUC 数据,同时去除时变噪声、弯液面和底部位置,然后进行增强的 van Holde-Weischet 分析。我们用 UltraScan 估计了缓冲液密度和粘度校正(分别为 1.0269g/cm3 和 1.293 cP)。所有流体动力学参数均在 20°C 和水条件下校正为标准条件。
REFERENCE
Tyler Mrozowich, Sean M. Park, Maria Waldl, Amy Henrickson, Corey R. Nelson, Borries Demeler, Ivo L. Hofacker, Michael T. Wolfinger, Trushar R. Patel Cyclization studies of Japanese encephalitis virus non-coding RNA terminal regions.bioRxiv 2022.02.01.478553
Competitive inhibition of the classical complement pathway using exogenous single-chain C1q recognition proteins
利用外源性单链C1q识别蛋白竞争性抑 制经典补体通路
发表日期:January 12, 2022
DOI: doi.org/10.1016/j.jbc.2022.102113
摘要:补体亚基C1q是一种先天免疫系统的蛋白复合体,具有特征良好的免疫结合特性,是构成经典补体通路的重要部分。最 近的研究发现不管是健康的还是神经退行性疾病的大脑中,C1q在中 枢神经中具有突触消除的作用。然而,c1q相关的突触吞噬分子机制还不清楚。在这里,我们设计了单体和多聚体的蛋白质结构,包括球形头部的小鼠C1q的识别部位(C1q球状部分[gC1q]) 而缺乏胶原样结构的尾部的一条的单链分子(sc-gC1q蛋白)。这些在大肠杆菌表达系统中表达的分子能竞争性抑 制C1q的功能,我们通过质谱、分析型尺寸排阻色谱,分析型超速离心机,CD光谱,和ELISA等技术对其结构和结合已知补体通路激活物的能力进行表征。我们进一步使用SPR技术分析了这些分子和免疫球蛋白、神经元之间的相互作用。最 终,我们发现sc-gC1qs能够特异性的抑 制C1q的活性。此外,sc-gC1qs与C1q相互竞争结合在胚胎神经元细胞膜上。我们通过sc-gC1qs的体内实验揭示了C1q在神经元的定位和功能方面的作用,具有潜在的抑 制剂治 疗的用途。
目的:用于表征sc-gC1q蛋白的均一性和聚集状态。
仪器型号:Optima XL-1
sc-gC1q(蓝绿色)、sc-gC1q2(紫色)和sc-gC1q3(粉色) 在分析型超速离心实验中沉降系数的分布情况。计算得到的sc-gC1q分子质量为49.9±0.4 kDa与由氨基酸序列计算的理论分子量47,811 Da有很好的一致性。sc-gC1q2 分子质量为94.9 ± 0.6 kDa,大部分为二聚体形式,只有少部分以单体存在。sc-gC1q3分子质量51.1±0.5 kDa,也基本以单体存在。
实验条件:
对蛋白样品进行透析,缓冲液为50mm磷酸钠,200mm NaCl,测量前的pH值为7.5。
25 ℃下3000 rpm (700g) 离心20 min稳定温度,之后45,000 rpm (156,000g)离心,237 nm吸收光检测,步进0.003 cm,间隔10 min。
SEDNTERP计算溶液粘度和密度,SEDFIT拟合结果。
REFERENCE
Laue, T., Shah, B., Ridgeway, T., and Pelletier, S. (1992). In Computer aided Interpretation of Sedimentation Data for Proteins, Royal Society of Chemistry, Cambridge, U.K
Brown, P. H., and Schuck, P. (2006) Macromolecular size-and-shape distributions by sedimentation velocity analytical ultracentrifugation. Biophys. J. 90, 4651–4661
Amphiphilic Diblock Copolymers Bearing Poly(Ethylene Glycol) Block: Hydrodynamic Properties in Organic Solvents and Water Micellar Dispersions, Effect of Hydrophobic Block Chemistry on Dispersion Stability and Cytotoxicity
含聚(乙二醇)嵌段的两亲二嵌段共聚物:有机溶剂和水胶束分散体系中的水动力学性质,疏水嵌段化学对分散稳定性和细胞毒性的影响
发表日期:16 October 2022
DOI:https:// doi.org/10.3390/polym14204361
摘要:
尽管两亲性嵌段共聚物已经通过各种方法在普通溶剂和水分散体系中进行了详细的研究,但它们的流体动力学描述仍不完整。在这篇论文中,作者提出了一个详细关于六种二嵌段共聚物流体动力学研究的方法,采用动态光散射,粘度法,分析型超速离心法研究了嵌段共聚物在四氢呋喃有机溶剂和水胶束体系中的分布状态。此研究对于生物医学,细胞毒性研究都有重要意义。
目的:利用分析超速离心(AUC)进行二嵌段共聚物聚集性与流体动力学研究
仪器型号:XL-I,An-60Ti,12mm铝制中心件,2孔树脂中心件
A:在20°C的四氢呋喃溶液中PS-b-PEG,PMMA-b-PEG, PE-b-PEG的沉降系数分布图
B:在20°C的四氢呋喃溶液中PBd-b-PEO, PDMS-b-PEO, PCL-b-PEO的沉降系数分布图
实验条件:
实验使用贝克曼 ProteomeLab XL-I 分析型超速离心机,沉降速率法,An-60Ti 4孔转头,12mm铝制中心件 (THF solutions), 2孔树脂中心件(H2O, D2O/H2O)
转速设置范围为15,000–60,000 rpm, 取决于不同试剂的具体实验需求。在四氢呋喃溶液中使用最 大转速。
样品与Buffer加样量为420,20°C平衡温度2h。
使用干涉光学系统进行检测
使用 SEDFIT 软件c(s)模式分析数据
REFERENCE
Elistratova, A.A.; Gubarev, A.S.; Lezov, A.A.; Vlasov, P.S.; Solomatina, A.I.; Liao, Y.-C.; Chou, P.-T.; Tunik, S.P.; Chelushkin, P.S.; Tsvetkov, N.V. Amphiphilic Diblock Copolymers Bearing Poly(Ethylene Glycol) Block: Hydrodynamic Properties in Organic Solvents and Water Micellar Dispersions, Effect of Hydrophobic Block Chemistry on Dispersion Stability and Cytotoxicity. Polymers 2022, 14, 4361. https:// doi.org/10.3390/polym14204361
- 分析型超速离心(AUC)文献快报-1月刊
Binding of the HSF‑1 DNA‑binding domain to multimeric C. elegans consensus HSEs is guided by cooperative interactions
HSF‑1 DNA与C. elegans HSEs的结合作用研究
发表日期:28 May 2022
DOI:https://doi.org/10.1038/s41598-022-12736-x
摘要:
热休克转录因子(HSF)是热休克反应(HSR)的重要转录激活因子,它激活HSR基因,如Hsp70,HSPs和HSP40s,并与热休克要素(HSEs)结合诱导保守热休克蛋白上调。除了这些众所周知的HSPs之外,在线虫基因的启动子区域还发现了4000多个其他HSPs。线虫的HSF-1是一种含有671个氨基酸的蛋白质,像其他HSF蛋白一样,HSF-1由 N端DNA结合域(DBD),寡聚结构域和羧基端调控结构域组成。本文的目的是了解HSF-1如何与不同启动子相互作用,为此,作者纯化了线虫HSF-1 DBD,研究其与来自线虫基因组的不同调控HSEs的相互作用。
目的:使用沉降速率法分析型超速离心技术(SV-AUC)来确定HSF-1 DBD与HSEs结合的化学计量比、亲和性。
仪器型号:ProteomeLab XL-A
实验数据:
图1: 通过SV-AUC分析特定启动子与Hsf-1 DBD的相互作用。HSF-1 DBD以0 - 15倍的过量浓度滴定到每个启动子中。向右的移动表示HSF-1 DBD与DNA结合。左图为260 nm处测量的吸光度的Dc /dt, 右图为280 nm。使用的启动子分别为:(a) HSP-70;(b) HSP16.2a;(c) HSP16.2 b;(d) HSP-1;(e) DNJ-13;(f) UNC-23;(g) DNJ-12。
表1:用于自定义网格拟合方法的参数。在这个模型中,HSE被嵌入到相同尺寸的探针中,S为沉降系数。
表2:通过SV-AUC拟合计算KD值。没有颜色=结合,橙色=弱结合,红色=无结合。
实验结果:
在线虫基因组中有4120个SHE,它们在起始密码子上游500 bp处含有HSF-1结合区。令人惊讶的是,尽管有许多HSF-1调控基因,但典型的热休克反应仅对应8个基因,其中7个由HSF-1结合启动子区域调控。因此,HSF-1的作用所产生的调控程度远远超出了胁迫条件下应激基因的诱导,在非胁迫条件下可以达到线虫的正常生长周期。在较大的生物体中,这种方法能够将不同的派系连接到不同的组织和发育状态。
AUC实验条件:未说明
REFERENCE
Schmauder, L., Sima, S., Hadj, A.B., Cesar, R. and Richter, K., 2022. Binding of the HSF-1 DNA-binding domain to multimeric C. elegans consensus HSEs is guided by cooperative interactions. Scientific Reports, 12(1), pp.1-19.
Atomic Structures of Coxsackievirus B5 Provide Key Information on Viral Evolution and Survival
柯萨奇病毒B5原子分辨率结构提供有关病毒进化和生存的关键信息
发表日期:20 April 2022
DOI: https://doi.org/10.1128/jvi.00105-22
摘要:
柯萨奇病毒B5 (CVB5) 是人类肠道病毒B (EVB) 的主要血清型,可引起婴儿和儿童的严重病毒性脑炎和无菌性脑膜炎。目前,尚无针对CVB5感染的获批疫苗或抗病毒疗法。在这里,我们确定了三种形式的CVB5原子分辨率结构:成熟 (F) 粒子 (2.73 Å)(Full)、中间(A) 粒子 (2.81 Å)( intermediate) 和空衣壳(E)粒子 (2.95 Å) (empty)。CVB5的 F 粒子的结构分析揭示了与其他 EV-B 相似的“canyon” “puff” 和“knob” 结构。我们观察到在从 F 粒子到 A 粒子的转变过程中存在相似的结构重排,表明所有 EV-B 共有相似抗原性、细胞进入和脱壳机制。进一步比较所有已知EV-B结构和序列表明,虽然中和抗体靶向的残基是多样化的且推动了EV-B的进化,但脱壳受体识别的相对保守的残基可以作为开发抗病毒疫苗的基础和疗法。
IMPORTANCE:
CVB5作为肠道病毒B的主要血清型之一,近年来被广泛报道。此处显示的 CVB5 原子分辨率结构揭示了 EV-B 中发现的经典特征以及粒子膨胀和脱壳过程中发生的结构重排。此外,CVB5与其他结构已知的EV-B之间基于结构和序列的比较筛选出对病毒进化和存活重要的关键域。所有这些都为 EV-B 的疫苗和治 疗方法的开发提供了见解。
仪器型号:Beckman XL-I 分析超速离心机、贝克曼制备型超速离心机
CVB5纯化和结构测定
(a) 用于 CVB5 纯化的蔗糖密度梯度浓度 (15%-45%),如材料和方法中所述。观察到两条明显的条带,上条带A260/A280吸收比为0.65,主要含E粒子,下条带吸收比为1.83,主要含F粒子。(b) 分析超速离心 (AUC)。该样品产生了两个主要的峰,沉降系数分别为 80 S和143 S。
AUC实验条件:
在 20°C 条件下,在Beckman XL-I 分析超速离心机上进行沉降速率实验。
制备的高浓度样品用 PBS 缓冲液 (pH 7.4) 稀释至400 微升,在A280 nm处吸收约为 0.7,并进一步加样至到双扇形石英样品池中,然后放置于Beckman四孔 An-60Ti 转子中。
在 280 nm波长下以 8064 xg收集数据。最 后使用SEDFIT软件拟合干涉数据 。
REFERENCE
Yang P, Shi D, Fu J, Zhang L, Chen R, Zheng B, Wang X, Xu S, Zhu L, Wang K. Atomic Structures of Coxsackievirus B5 Provide Key Information on Viral Evolution and Survival. J Virol. 2022 May 11;96(9):e0010522. doi: 10.1128/jvi.00105-22. Epub 2022 Apr 20. Erratum in: J Virol. 2022 Nov 23;96(22):e0157322.
Nonclassical Recrystallization
非典型晶体结晶
发表日期:22 June 2020
DOI:doi.org/10.1002/chem.202002873
摘要:
在材料科学和纳米技术领域,对单分散系统中的纳米颗粒的大小和形状表征需求越来越多。到目前为止,没有非常有效的方式可以依据纳米颗粒的大小和形状进行纯化。这里,我们使用一种绝 对定量的高分辨率方法——分析型超速离心机(AUC),是一个非常有效的从纳米晶体到介观晶体来生成纳米晶体的方式,达到了迄今为止无人能及尺寸分布(PDIc=1.0001)和形状。类似于分子积木的结晶,非经典的再结晶去除了“胶体”杂质(即纳米颗粒,它们在形状和大小上与大多数不同),将它们组装成一个介观晶体。在这种情况下,由于介观晶体既显示了远距离排列顺序以及较好的纳米晶体取向,纳米晶体可以大小和形状选择性进行组装。除了产生高度单分散的纳米颗粒,这些发现提供了介观晶体的结晶新思路。
目的:用于表征纳米晶体及其相应的介观晶体的摩擦系数比和沉积系数分布。
仪器型号:Optima XL I
环己烷纳米晶体及其相应的介观晶体。a-d)从环己烷中分离纯化出不同批次的纳米颗粒沉积系数分布。批次II-IV含有大部分较大的“胶体”杂质,而批次V含有较小的 “胶体”杂质。所有不同的纳米晶批次均可获得介观晶体。高度纯化后得到单分散纳米晶体。非扩散修正g(s)包含高分辨率扩散修正c (s)
实验条件:未说明
REFERENCE
E. Brookes, W. Cao, B. Demeler, Eur. Biophys. J. 2010, 39, 405; b) B. Demeler, UltraScan version 4.0, release 2783. A Comprehensive Data Analysis Software Package for Analytical Ultracentrifugation Experiments. The University of Lethbridge, Department of Chemistry and Biochemistry.http://www.ultrascan3.aucsolutions.com/download.php
- DNA超速离心
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LSA200光学接触角测量仪具有齐全的配件和功能强大的扩展模块,依照不同的配置和扩展模块LSA200可以扩展为各种仪器:
Ø 自动接触角测量仪:用于测量静态、动态接触角和与此相关的各种参数;
Ø 俯视法接触角测量仪:基于俯视法来测量液体和固体表面形成的接触角;
Ø 双视接触角测量仪:基于侧视法和俯视法相结合的双视接触角测量仪,能够实现对接触角的全方位测量;
Ø 双液滴接触角测量仪:可以同时测量两种不同液体形成的液滴的接触角,从而获得固体的表面自由能;
Ø 自动固体表面自由能测量仪:采用非接触式自动加液单元,结合双液滴测量技术,通过一键点击自动测量、即可获得固体表面的自由能数值;
Ø 全自动表面界面张力测量仪:用于测量静态、动态表/界面张力,适用于绝大多数的液体和液/液-体系,性能优于传统的吊环/薄板测量法;
Ø 全自动临界胶束浓度(CMC)测量仪:LSA200配备全自动临界胶束浓度测量模块,采用光学悬滴分析法全自动测量临界胶束浓度(CMC);
Ø 单一纤维接触角测量仪:LSA200配备45倍变焦光学镜头和高速相机,可以完成单一纤维材料的润湿接触角测量,计算方法包括纤维包覆法和液桥法/弯液面法;
Ø 粉末润湿角测量仪:LSA200配备粉末/多孔介质测量模块,基于washburn法表征粉末及多孔材料的润湿性能;
Ø 光学扩张流变测量仪:LSA200配备振荡滴扩张流变模块,通过实时跟踪有规律震荡(正弦震荡)下的悬挂液滴,实时测量液滴的界面张力和表面积变化,从而计算出液体的扩张粘弹指数及模量变化;
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......
LSA200光学接触角测量仪灵活地配置各种特殊附件扩展而成的每一台仪器都非常出色:不但可以与当前市场上先进的、单方面/独立式的测量仪器相媲美,而且在许多方面都优于它们,这不仅表现在LSA200所具有的多功能的“量”上,更着重于具体每一功能所体现的“质”上。
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