GS Junior HLA分型获得欧洲认可

罗氏454测序在HLA分型方面的应用由来已久。Z近，奥地利一实验室对临床样本通过GS Junior测序实现了高分辨率分型，该平台已经于去年底通过欧洲认证，将在纳入奥地利的YL保险体系，用于病人移植前配型。 负责该实验的研究人员表示通过GS Junior可以GX、低价以及高分辨率对HLA基因进行分型，结果可用于移植前的配型。该实验室自主建立了测序前样本制备自动化方案，测序实验方案，以及测序后的生物信息分析流程，结合GS Junior的高通量单克隆测序，可以达到现有的Sanger测序HLA分型准确性，而又拥有成本和价格方面优势，足以代替原有方法。
在目前的实验中，一次GS Junior实验可10个样本、每个样本17个外显子同时测序，这些测序位点既包括常用的HLA基因分型测序外显子如HLA I类、II类基因的第2、3外显子，而且为进行高分辨率判断，还包括了额外的部分内含子和外显子区域如HLA-C基因的第7外显子。
文库制备的自动化方案依靠Hamilton的自动化移液平台实现，仅需要一个实验员2个小时的手工操作时间，就可以满足该平台的通量需求，因而保证了GS Junior平台的临床应用。数据分析方面，采用了Conexio公司的一款基于454测序数据而开发的软件，实验室成功建立对大量数据有效数据分析流程。
该实验室在2012年的这一实验平台对172个病人进行分型，这些病人已有Sanger测序数据以及部分亲属的Sanger测序结果。比较后，发现GS Junior的结果与Sanger结果一致，部分结果甚至达到了更高的HLA基因型分辨率，从而获得了平台认证。
454平台之外，该实验室曾尝试使用其他二代测序平台进行HLA测序，但从目前的数据结果来看其他平台的数据还不能到达HLA分型的要求，主要原因在HLA分析对读长要求高，只有在足够长的读长下才可以保证分型判断的准确性。
除了该实验室自主开发的这一测试之外，罗氏也有基于454平台的HLA分型试剂盒GType HLA Kit可进行高分辨率及中分辨率的分型，此外也有其他实验室在利用454平台开发自己的实验流程。随着更多这类试剂盒及自动化方案的推出，相信将为临床等相关应用提供更多参考信息。