在细菌基因组中,编码 16S rRNA 的 rDNA 基因具有良好的进化保守性,适宜分析的长度(约为1.5kb),以及与进化距离相匹配的良好变异性,所以成为细菌分子鉴定的标准标识序列。16S rDNA测序即是对16S rDNA特定可变区(可选择单可变区或是多可变区)进行PCR扩增,再结合高通量测序和生物信息分析,帮助研究人员进行大规模鉴定群落组成,表达丰度,以及开展系统进化分析的方案。该方案因其无需分离培养细菌,实验操作简单,并可大规模鉴定特定生境中全部菌群而成为研究微生物群落多样性的shou选方案。