有没有微生物 细菌 放线菌 霉菌 菌落特征图鉴之类的书？

那就是你用来计数的菌液出了问题啊。要从源头开始找原因了。
还是你原本要计数的就是混合菌液？
这种书很多的，例如《食品卫生微生物学标准鉴定图谱》、《微生物的鉴别与彩色图谱》等等，都有很清楚的图片。

很困难，看大学里可能有

《微生物学》中有。
细菌菌落光滑，易于基质脱离；
放线菌菌落质地致密，菌落较小而不致广泛延伸；
酵母菌菌落较细菌菌落大而厚；
霉菌形成的菌落较稀松，多成绒毛状，絮状。

我有《伯杰细菌手册》pdf版，85M，是Z好的鉴定微生物的手册，需要的话传给你。

不同微生物的培养基从理论上讲都是营养十分丰富的，所以各种微生物都生长也是十分正常的。你所出现的问题主要有几个：
1.没有严格的无菌操作，所有微生物试验必须严格无菌操作。
2.正常来讲，在放线菌和霉菌的培养基中需要加入一些YJ剂，当然主要是真对细菌的，如链霉素、青霉素、孟加拉红等。
3.如果以上都避免了，那很有可能是培养基灭菌不彻底。

介绍本好书吧，
《微生物学》 （翻译版）
出版社： 高等教育出版社
作者： 沈萍 主译

你所指密密麻麻的很有可能是细菌，通常细菌菌落表面湿润、光滑、易挑取，当然酵母菌也有这样特点，只是菌落形态更大。
红色那个有可能是酵母菌。

是这样的，你的对照在倒入培养基后一般不会再打开，所以与你的操作可能以有些关系。但这都不重要了。另外，如果是要计数的话Z好还是加YJ剂，而且要在菌株适合的较低温度下培养。