基因表达水平一般是通过该基因转录的mRNA的多少来衡量的,PCR之后可以通过产量的多寡来判断。但是普通PCR一般只能定性判断基因表达量,实时荧光定量PCR可以通过PCR扩增来定量计算RNA含量(通过比较内参的ct值)。所以,传统曲线只能定性判断,实时荧光定量PCR曲线可以定性判断。
PCR有两种解释:
1,Z常用的理解:RT 是‘逆转录’(reverse transcription)的缩写
2,现在也有人这么用:RT是‘实时’(real time)的缩写
1,先说逆转录PCR:
这项技术使用的‘逆转录酶’来自逆转录病毒,是一种能按照碱基互补配对原则,以脱氧核糖核苷酸为底物,以寡居dT为引物,把mRNA转换成相应DNA的酶,由于该酶的效果与ZX法则(DNA所承载的生物信息表达顺序应该是DNA-RNA-蛋白)顺序相反,故而有'逆转录'之称。
由于逆转录反应使用了引物和模板,也是聚合酶链式扩增的(PCR是‘链式扩增反应’polymerase chain reaction 的缩写)故称为RT-PCR。
再说其用途:
我们提取的RNA主要是rRNA,即核糖体RNA,但很少有人用它做些什么,倒是含量较少的mRNA,即信使RNA是ZX法则所述的遗传信息表现的中转站,所以我们要把微量的信使RNA搞出来,更重要的是,RNA太容易分解了,环境中无处不在的RNA酶啊,以及其容易被水解的特点啊,让你不得不尽快把珍贵的信使RNA转化成稳定的形式,于是就有了RT-PCR。
2, 再说实时PCR
细胞瞬时转录的mRNA种类颇多,各种mRNA含量也有实时的改变,这反映了细胞核内转录因子根据环境要求在做出相应的变化,realtime-PCR,以及quantitative realtime-PCR (简称qRT-PCR)就应运而生。
原理:利用PCR高度的特异性,通过特定的引物能在复杂样品中得到的特定序列的DNA,而这种特定DNA的产量跟反应初始阶段模板量是直接相关的。简单说来。经过一个PCR循环,可以把一个模板变成两个,在经过一个循环,就会变成四个,以此类推。如果PCR的检测线是1000个产物,那么当你的初始样品中模板是n个,那就需要经历的循环数为
的时候才能检测,这就把循环数与初始样品中模板数联系起来了。也就是说经过计算,达到检测限的循环数就能反映初始RNA样品中某种RNA的含量多少。
在实际中,使用了特殊的含有荧光剂的引物,光学检测相应光强度的产物所需的循环数,能高度灵敏的达到目的。
realtime-PCR有两种。定量和相对定量。
定量常用于逆转录病毒侵染细胞的检测,比如你想知道有多少HIV侵染了样本中的T细胞,你可以收集一定数量的T细胞并提取RNA,通过逆转录,以及taq酶利用HIV的特异引物进行扩增,Z终的循环数可以反应你的这群T细胞正在被多少个HIV侵染。
相对定量常用于检测实时的转录谱,例如在给药前后,某重要基因转录的实时变化,可以分别收取给药前后的全RNA,用相对转录量不变的基因为内参,如GAPDH或beta-actin,与目标基因转录的转录量对比,来定量反应药物对目的基因转录含量的影响。