相对定量有两种方法。 要求扩增效率相同的是ΔΔCt法,因为只有扩增效率相同目的基因与内参基因的Ct值之差才是恒定的值,这是使用这种方法处理数据的前提,所以正式实验之前要进行条件优化,这种方法的优势是不用作标准曲线。如果扩增效率不同就要。普通的基因扩增仪(PCR仪)只能够定性地分析是否存在目标片段。但是价格要低很多,而且运行成本也要低很多。不过不能直接得到扩增结果,还需要做电泳检测。实际中检测遗传疾病,品种分子标记筛选,甚至亲自鉴定等都可以由普通PCR仪完成。
但是,某些需要定量的实验就必须用到实时定量PCR了。比如检测某些病原物的数量(血液乙肝病毒复制程度),特定基因的表达量(比如结合反转录做的RNA定量分析),某些基因在染色体组中拷贝数(以前往往使用southern blot技术)等等。荧光定量PRC一般不需要对扩增产物进行电泳分析,操作相对简单些,但是耗材实在是贵。