发酵所用的微生物Z后全部都死了吗

基本上是的，但也要看发酵类型。
对于葡萄酒、啤酒这类酒，发酵后期可能将沉降的酵母菌大部分取出来，叫“酵母泥”，可以用于下一次发酵。酒液中剩余的酵母菌会被杀死。
对于白酒，因为需要把发酵好的物料中的酒精蒸馏出来，要高温加热，微生物肯定活不下来。
对于氨基酸发酵、抗生素发酵、有机酸发酵等类型的发酵，需要从发酵液中把发酵产物提取出来，一般在发酵结束后（或提取后），需要把微生物杀死。一是为了不污染环境，二是为了保证不对以后的发酵产生影响。