关于薄层层析和质谱的问题

我合成出一个物质，分子量为509，做质谱ESI发现509的峰比较低，而487的峰比较高，还有一些其他的杂峰，标准样品的质谱峰就有一个，就是509，但是跑板的时候发现二者几乎就是同一种物质，问了一个ZS的老师，说单从跑板看，二者应该是同一种物质，想问一下，这... 我合成出一个物质，分子量为509，做质谱ESI发现509的峰比较低，而487的峰比较高，还有一些其他的杂峰，标准样品的质谱峰就有一个，就是509，但是跑板的时候发现二者几乎就是同一种物质，问了一个ZS的老师，说单从跑板看，二者应该是同一种物质，想问一下，这是什么原因，薄层层析不是很能说明问题的吗？