基因组测序为什么要去除与adapter 之间overlap超过一定阈值的片段

现在全基因组测序用鸟枪法，把所有DNA打碎成短片段，测出所有片段的序列再用超级计算机进行拼接。
你说的是老方法，先构建大的长片段文库，这些长片段互相重叠，能涵盖全部基因组，即所谓的骨架scaffold。然后在对文库里每一个克隆进行亚克隆，应该还进行亚亚克隆，得到可以直接测序的短片段克隆，即所谓的可以测序得到Reads的克隆。每个Reads的序列拼接起来，逐级拼接，Z后得出每一个长片段克隆的序列，Z后进行长片段克隆的拼接，得到每一条染色体的序列。
实际上老方法就是分级克隆，再拼接，鸟枪法就是直接得到短片段，不经过克隆，对短片段直接测序、拼接。人类基因组计划Z初使用老方法，后来一个公司使用了鸟枪法，Z后两种方法同时完成。