DNA测序结果存在多次突变怎么回事？

不管用什么酶扩，有这么多突变很少见，有可能是反转录的问题。

话说楼主的结果还是挺的！
个人觉得，首先，用的模板是不是不纯，本身序列就很杂。第二，可以看看测序发回来的光谱图，有的时候信号低一点的峰读不出来，所以就错了。
Z后建议楼主还是把实验重复一下吧，分子这东西有时就是靠人品！
祝楼主实验顺利

极有可能用的不是高保真酶，taq酶的保真性不行，你可以换成PFU或者是neb的phusion，推荐后者。pfu操作起来比较费劲，容易把模板和引物降解掉，且保真度也没有phusion好，不过phusion比较昂贵。
还有可能是样品不纯，导致测序结果有偏差。或者是该换胶了。