请问生物测序中的de novo genome assembly是什么意思？还有coverage？

参与评论

评论

登录后参与评论

全部评论(4条)

• 

  yangshao327 2012-11-30 00:00:00

  对于你提问的k-mer，它与测序深度和覆盖度都没有关系。k-mer就是序列拼接中所说的k值，k值可以认为是片段的大小。据我所知，在序列拼接中，得到的read还要达成更小的片段，片段的大小可以理解为k值。k值是算法中的一种参数，具体是什么，是没法解释。 但是，不同的k值对于序列的拼接有不同的影响。 对于lz的追问说read的问题，不同的测序手段read不一样，有的是随机打断的，read长度就不一样。可以mapping到基因组上的read越多，大概可以理解为测序覆盖度越好 希望回答对你有帮助

  赞(10)

  回复(0)

  评论

  评论

  登录后参与评论

• 

  白巧克力0603 2012-11-04 00:00:00

  这个就是DNA测序啊，coverage在这大概是报道的意思

  赞(5)

  回复(0)

  评论

  评论

  登录后参与评论

• 

  墩烙肇偈鹤坝 2012-11-05 00:00:00

  de novo 的意思是全新，assembly是序列拼接，所以就是在没有参考序列的情况下进行序列拼接，不过呢，一般还是会比对一下近缘种，所以是个相对的概念，比如如果有了人类基因组作参考，那拼chimpanzee的就不是de novo，而算ab initio。 coverage可以直译覆盖率，所以在这里可以理解成，你测到的和拼起来的，能够cover（覆盖）实际基因组的多少。 希望对你有帮助~

  赞(3)

  回复(0)

  评论

  评论

  登录后参与评论

• 

  走巴走巴 2012-11-05 00:00:00

  楼下回答了一些，我尽自己知道的补充一点。 denovo字面意思是全新，专业一点就是从头测序。详细点就是对未知基因组序列进行测序，利用生物信息学分析手段，对序列进行拼接、组装，从而获得其基因组的图谱。 另外，你追问的问题，其实有些人会混淆两个概念：测序的覆盖度（coverage）和测序的深度（depth）。对于coverage，由于大片段拼接的gap（空白或者缺口）、测序读长有限、重复序列等问题的存在，测序分析后组装得到的基因组序列通常无法完全覆盖所有区域，覆盖度就是Z终得到的结果占整个基因组的比例。例如一个人的基因组测序，覆盖度为98.5%，那么说明该基因组还有1.5%的区域通过我们的组装和分析无法得到；对于depth，就是被测基因组上单个碱基被测序的平均次数，比如某样本的测序深度为30X，那么就是说该样本的基因组上每一个单碱基平均被测序（或者说读取）了30次，注意，是平均。当然了，depth也有Z大和Z小值，这个都可以由信息分析得到。其实也就是为了提高准确率什么的，一般15X就差不多了。 就这些了，希望能帮到你。还有什么，LZ可以追问，呵呵

  赞(9)

  回复(0)

  评论

  评论

  登录后参与评论