1.酸碱反应:细菌代谢碳水化合物,一般产生酸性物质;分解蛋白质或氨基酸,则产生碱性物质,根据不同细菌的理化性质不同,测定细菌的分解底物导致PH值变化而产生的不同颜色,来判断菌种。2.酶谱分析:根据细菌生长产生酶的特性,在测定底物中加入基质。使其与细菌生长过程中的酶结合成荧光物质,可以在较短的时间判定菌种。3.高压液相色谱分析:用气相色谱检测细菌在液体培养基中的代谢产物(挥发和非挥发脂肪酸),结果与数据库数据比较后,得出鉴定结果。4.代谢指纹法:其原理是根据细菌对碳源(或氮源)利用的差异来区别和鉴定细菌,不同的细菌会利用不同碳源(或氮源)进入新陈代谢过程(称为呼吸),而对其他一些碳源(或氮源)则无法利用,将每种细菌能利用和不能利用的一系列碳源(或氮源)进行排列组合,就构成了该种细菌特定的代谢指纹,由于细菌在利用碳源进行呼吸时,会发生一系列的氧化-还原反应,产生电子,TTC(四唑紫,2,3,5-TriphenylTetrazoliumChloride)在呼收电子后,会由无色的氧化型转变为紫色的还原型,通过肉眼观察或计算机控制的读数仪,将反应结果同数据库中的指纹进行比对,从而得到细菌的鉴定结果。