微生物菌株鉴定构建发育树的问题

一般来说，按照相似性高地排列下来，选择靠前的几个属的菌。比如说你的比对结果为Z相似的菌前10个都是A这个属的，那么你的菌一般来说跑不出这个属；再往下的第二个属可以作为外属，就是说系统发育树不仅要有你的菌所在的属，还得有一个和它Z相近的另一个属。确定属之后，找到这个属的所有的菌，将他们的序列都用上来建树。Z理想的树建出来的结果是16SZ相近的菌和你的菌在一支上，并且进化距离也Z短。

Blast 相似度高的前面的一些。Z好选择多些，排除同类的！
因为使用诸如MEGA或其他系列软件完成比对分析后需要删除一些相互干扰的序列，所以务必在开始阶段多选择几种序列！