碱裂解法提取质粒DNA的电泳图谱，为何我的只有两条带？分别都是什么？

1）选择分子量 跟你的质粒接近的marker，Z理想的是包含质粒分子量在内，但据我所知没有这样的marker。
2）你这个电泳图上样量太大了，一方面条带不整齐难以判断，另一方面你干嘛要纠结于几条带呢？一般说是3条带也是理论上的，但实际上，在菌体内复制的质粒就是一个连续的状态，什么样都有，电泳结果就可能造成条带的局部涂布。
所谓的三条带解释没有定论，现在一般认为是超螺旋、复制型（处于复制的半开环状态，即眼结构）和开环DNA（一条链断了），早先认为的 线状DNA后来被否，因为质粒很不容易断裂成线状的。顺序应该是超螺旋在Z前边，开环在后边。
凭经验，我估计你的超螺旋和复制型合并成你那个粗的涂抹带了，后边那个细的是少量的开环DNA。