简述研究小分子与蛋白相互作用的方法有哪些

在生物化学中，涉及到蛋白质与配体（包括蛋白质结合小分子，酶催化底物和YZ剂结合等等）的相互作用时，有不少衡量相互作用的生化指标，其中包括 Ki值（YZ常数），Kd值（解离常数），Km值（米氏常数）
1） Kd值：dissociation constant
针对的是蛋白质与小分子（如LAC等），指的是解离常数，单位是M.该常数反映了与蛋白质结合的小分子的解离速率，也直接决定蛋白质与小分子的亲和力（affinity）。是定量描述蛋白质与小分子结合的主要生化指标。
2） Ki 值：inhibitor constant 针对的是蛋白质与YZ剂，指的是YZ剂常数， 单位是M.
与Kd值的计算一样，反映出YZ剂与蛋白质的结合紧密程度。
3） Km值：是针对酶与底物的催化反应，Km指的是米氏常数（为了纪念Michaelis和Meten），是由一些速率常数组成的复合常数，等于酶的反应速率达到反应速率的一半时的底物浓度，单位是M.
这几个常数，Kd与Ki，按照我的理解来说差别不大，只是Ki代表的是YZ剂与蛋白质的Kd，本质上无差异。Km值的推导Km值的推导比Kd，Ki要复杂，主要在于酶的催化过程，不仅包括前面的结合，还有后续的催化得到新的底物，这与前面的单一可逆过程是有区别的。

一般极少有这样做的。除非这种小分子在生物学上有一定的特殊意义，或者之前报道过这种小分子能够发挥一些生物学作用。药物筛选中一般会筛选跟某种特定的蛋白相互作用的小分子。反过来做似乎没有多大意义。很多大牛实验室(需要很有钱的，不怕失败的)在研究一些新的没有任何clue的生物学现象的时候，往往也会筛选小分子，看哪些小分子能够YZ或增强一些生物学现象的产生，然后再针对这些小分子深入研究。这样做风险很大，一般做出来就会发很牛的paper，但也有可能全是negtive 的result，大量的时间金钱就打水漂了。