12.6v 5000mah的锂离子电池应该怎样控制充电电流和电压？

你说的应该是3S，11.1V的锂电池组吧，首先应该使用恒流充电，一般电流建议不大于1C，以0.5C为好，恒流充电充电到12.6V时应转为恒压充电（恒压值12.6），设定恒压充电电流小于30mA时，充电停止。这是我一般测试锂电池的充电设定方法。希望可以帮到你。
现在市面上的智能充电器很多的，价钱也不菲哦，智能充应将充电电流设定成可调式，使用范围应该不局限于一种电池，应该是多种电池，多种组合能共用为Z好。

看你的电池性能怎么样，还有你的要求。
比如性能允许5C电流充电，那么你要求Z高也只能5C以内。
电压那就不用说了，12.6V MAX 高了对电池来说是很不安全的。当然，有些人会告诉你用高点的电压也是可以，不过安全系数就下降了。

总结：CC/CV 12.6V 2（5C）充电（我试验的电池10C允许），电池会先恒流-恒压自动切换 ，0%充电开始，12分钟后基本充电电流从2开始下降，理论上已经满充电了。

不知能否帮助，还是你想要电源电路。。。。？

你要看看你那几块电池串联，确定是何种电池材料，比如钴酸锂，磷酸铁锂。。。然后才能确定上限保护电压，电流一般是0.2C倍率，也就是1000mah。