同一单体建筑基坑和主体分别由两家施工单位施工有问题吗

没有问题，但是按照现行制度，基坑支护施工也需纳入总包管理，属于专业分包，需由有基坑施工资质的单位施工，总包若没有该专项资质，还必须请别的专业分包商施工。

基础可以由专业资质施工单位施工，但主体必须总包做。