一般购买纯化试剂盒进行纯化。以Takara公司的试剂盒为例:
1. 使用TAE缓冲液或TBE缓冲液制作琼脂糖凝胶,然后对目的DNA进行琼脂糖凝胶电泳。
2. 在紫外灯下切出含有目的DNA的琼脂糖凝胶,用纸巾吸尽凝胶表面的液体。此时应注意尽量切除不含目的DNA部分的凝胶,尽量减小凝胶体积,提高DNA回收率。
注)切胶时请注意不要将DNA长时间暴露于紫外灯下,以防止DNA损伤。
3. 切碎胶块。胶块切碎后可以加快胶块融化时间,提高DNA的回收率。
4. 称量胶块重量,计算胶块体积。计算胶块体积时,以1 mg=1 μl进行计算。
5. 向胶块中加入胶块融化液DR-I Buffer,DR-I Buffer的加量如下表:
凝胶浓度
DR-I Buffer使用量
1.0%
3个凝胶体积量
1.0%~1.5%
4个凝胶体积量
1.5%~2.0%
5个凝胶体积量
6. 均匀混合后75℃加热融化胶块(低熔点琼脂糖凝胶只需在45℃加热)。此时应间断振荡混合,使胶块充分融化(约6~10分钟)。
注)胶块一定要充分融化,否则将会严重影响DNA的回收率。
7. 向上述胶块融化液中加入DR-I Buffer量的1/2体积量的DR-II Buffer,均匀混合。当分离小于400 bp的DNA片段时,应在此溶液中再加入终浓度为20%的异丙醇。
8. 将试剂盒中的Spin Column安置于Collection Tube上。
9. 将上述操作7的溶液转移至Spin Column中,12,000 rpm离心1分钟,弃滤液。
注)如将滤液再加入Spin Column中离心一次,可以提高DNA的回收率。
10. 将500 μl的Rinse A加入Spin Column中,12,000 rpm离心30秒钟,弃滤液。
11. 将700 μl的Rinse B加入Spin Column中,12,000 rpm离心30秒钟,弃滤液。
注)请确认Rinse B中已经加入了指定体积的乙醇。
12. 重复操作步骤11。
13. 将Spin Column安置于Collection Tube上,12,000 rpm离心1分钟。
14. 将Spin Column安置于新的1.5 ml的离心管上,在Spin Column膜的ZY处加入25 μl的灭菌蒸馏水或Elution Buffer,室温静置1分钟。
注)把灭菌蒸馏水或Elution Buffer加热至60℃使用时有利于提高洗脱效率。
15. 12,000 rpm离心1分钟洗脱DNA。