二者Z主要的不同是其工作原理不同。
电子探针仪,学名应该是扫描隧道显微镜(scanning tunnel microscopy,STM),它的工作原理是用一个针尖在离样品表面极近的位置慢慢划过,样品和针尖上加有恒定电压,随着针尖和样品起伏不平的表面原子距离的改变,二者间的电流会有变化,记录这个电流的变化进行处理后,可以得到表面的形貌像,这是其中的一个工作方式,还有针尖位置不变,电压变化的工作方式等。另外STM发展的非常蓬勃,衍生出很多其他类似的分支电镜,如AFM等。
扫描电子显微镜(scanning electron microscopy,SEM),是通过电子束对样品表面进行反复的扫射,通过探头收集反射回来的二次电子和背散射电子来进行成像。
二者相同的地方则是主要用作测样品表面形貌的仪器