蛋白质型手性色谱柱属于第5种类型。分离依赖于疏水相互作用和极性相互作用。已经有多种蛋白质用于此类手性色谱柱。目前使用较多的是α-酸性糖蛋白(α-Acid Glycoprotein,AGP),人血清白蛋白(Human Serum Albumin,HSA),牛血清白蛋白(Bovine Serum Albumin,BSA)和卵类粘蛋白(Ovomucoid,OV)。α-酸性糖蛋白分子由181个氨基酸残基和40个唾液酸(sialic acid)残基构成。α-酸性糖蛋白分子偏酸性,等电点为2.7。含有两个二硫键,性质很稳定。α-酸性糖蛋白分子可以共价键合到硅胶上,制成手性色谱柱,可以分离许多化合物。